El Museo de Bellas Artes tiene su origen en una iniciativa de la Comisión Municipal de Cultura durante el mandato del Dr. Pedro Aguirre, cuando el Municipio recibió en donación una importante colección de obra pictórica y una biblioteca de arte propiedad del Sr. Federico Vogelius. El actual edificio fue adquirido a través de una colecta pública propuesta por el entonces comisionado municipal y acondicionado bajo la dirección del arquitecto José Miguel Guisasola. La inauguración oficial se realizó el día 24 de abril de 1958.
El 25 de mayo de 1959 se realizó la Asamblea Constitutiva del que pasó a llamarse “Museo de Bellas Artes de Tres Arroyos”. La primera comisión designada tuvo como presidente al Sr. José Carrera. Cabe destacar la colaboración que recibió el MUBATA durante más de treinta años por parte de la Fundación Banco Comercial de Tres Arroyos, incorporando al museo doce obras entre pinturas y esculturas y realizando un aporte económico para llevar a cabo la reconstrucción del inmueble, cuyas obras fueron inauguradas el 7 de abril de 1989. En el año 1988 el Municipio determinó dejar en custodia y preservación las obras al MUBATA a través de la ordenanza N° 2741 del HCD.
Luego de permanecer cerrado por algunos años en la década del ‘90, producto de la disolución de la Fundación del Banco Comercial a raíz del cierre de esta entidad bancaria, la señora Esther Johane Skou se hizo cargo de la presidencia hasta el año 2010. En su gestión se realizaron tareas de restauración de varias obras pictóricas y mejoras en las instalaciones, a través de una colaboración pedida al Fondo Nacional de las Artes. Al mismo tiempo el Museo comenzó a ofrecer una amplia gama de actividades como charlas, talleres, visitas guiadas y muestras de importantes artistas de la ciudad de Buenos Aires y la zona, actividades que se mantienen hasta la actualidad.
